发生洪涝灾害时，大量畜禽因灾死亡，尸体腐烂，病原容易感染扩散，土壤中的大量病原微生物暴露，易污染水源等环境;畜禽抵抗力下降，容易受到疫病侵袭，造成非洲猪瘟、口蹄疫、高致病性猪蓝耳病，高致病性禽流感等重大动物疫病，以及血吸虫病、炭疽、猪链球菌病、钩端螺旋体等多种人畜共患病的发生和流行。
一、病死畜禽的无害化处理
发生洪涝灾害时，由于死亡畜禽体内带有大量微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，病菌会到处扩散，不仅污染环境，还容易引发人畜共患病。参照《病死及病害动物无害化处理技术规范》等相关规定的要求处理病死动物。
二、消毒
洪涝灾区连续遭受强降雨，死亡畜禽和各种污物随水流动，水源等环境易受到污染。同时，土壤中的病原被雨水冲出来，也会引发疫病。为消灭环境中病原体，切断传播途径，预防和控制传染病流行，保障人畜健康，必须进行大消毒。灾区畜牧兽医部门要指导受灾养殖场(户)开展消毒工作，指导规模养殖场、养殖小区落实卫生消毒措施，防止发生疫情。
三、做好重大动物疫病的防控和监测工作
规模养殖场户要结合防控实际，切实做好非洲猪瘟生物安全工作，做好口蹄疫、高致病性禽流感、高致病性猪蓝耳病、猪瘟等重大动物疫病的补免工作，对免疫抗体不合格的畜禽要及时补免。
1、加强免疫，切实提高畜禽自身抵抗力
免疫是防控口蹄疫、高致病性猪蓝耳病、高致病性禽流感等重大动物疫病的有效措施。要根据应急监测情况，对抗体水平低、即将超过免疫保护期和新补栏畜禽尽快开展高致病性猪蓝耳病、禽流感、口蹄疫和猪瘟等重大动物疫病补免和强化免疫工作。重点对规模养殖场户抗体水平开展检测，确保规模场免疫抗体水平。要特别强化母猪、断奶仔猪免疫工作，做到应免尽免。要结合当地流行情况，对老疫区、人口密集区和临时人员安置点周边地区等开展紧急免疫。要面向基层防疫人员和广大养殖户，积极开展《动物防疫法》和动物疫病防控知识宣传，切实提高基层防疫人员的防疫水平和养殖户的自主防疫意识。
2、加强监测，及时消除疫情隐患
要进一步加大受灾地区动物疫情监测和流行病学调查力度，及时发现和排除隐患。重点对规模养殖场(户)、曾经发生过疫情的地区和其他高风险地区畜禽集中开展抗体检测工作。发现疫情要及时采样送检，做好监测和流行病学调查，综合分析疫情发生原因。根据监测结果，灾区畜牧兽医部门要加强督促检查，确保各项防控措施落到实处;县、乡包片兽医要加大养殖场(户)的巡查力度，发现疫情及时报告，及时处置。
四、预防霉变饲料中毒及饲养管理
预防霉变饲料中毒
灾区连降大雨，湿度大，易引起饲料霉变，霉变饲料中霉菌能引起动物中毒。中毒后，动物一般体温正常，粪便干燥，有呕吐症状。母猪不孕并有流产现象。有的出现神经症状，严重的出现死亡。全身多处部位包括内脏出血，肝脏有坏死。
霉变饲料中毒没有有效治疗方法，重在预防，严禁饲喂腐败、变质或霉变的饲料。霉变饲料可集中焚烧或还田处理;注意饲料的保质期，防止食用过期饲料。
对猪场的非洲猪瘟防控工作要做到“五要四不要”。“五要”：一要减少猪场外人员和车辆进入猪场；二要在人员和车辆入场前彻底消毒；三要对猪场实施“全进全出”饲养管理；四要对新引进的生猪进行隔离；五要按规定申报检疫。“四不要”：一不要使用泔水喂猪；二不要放养生猪；三不要从疫区购买生猪；四不要瞒报、迟报疑似疫情。
曾发生过非洲猪瘟的地区，应